Trong tương lai, bức xạ từ mặt trời đã hủy hoại môi trường Trái đất, và tỉ lệ sinh của loài người đã giảm hẳn. Chính phủ kiểm soát dân chúng bằng 1 đội quân các binh sĩ được nhân bản IC. Sam Coin, 1 nhà buôn ở sa mạc, tình cờ cứu được 1 cô gái tên Maya đang bị Theseus, thành viên đội IC đuổi theo. Anh giấu cô vào trong thuyền, nhưng bọn họ nhanh chóng bị phát hiện
Phần Phim này tập trung vào sự kiện cháy lớn tại Honnouji, nơi Oda Nobunaga, một trong những nhân vật quan trọng trong lịch sử Sengoku, bị phản bội và tự sát.
Câu chuyện xoay quanh một cô gái tên là Yuuka, người gặp một sinh vật ở độ sâu của Trái Đất có tên là Chii-chan (một chữ cái của chiteijin, từ tiếng Nhật cho người ở dưới lòng đất), và một người ngoài hành tinh tên là Ucchan (một pun của uchuujin hoặc người ngoài hành tinh ). Câu chuyện diễn ra theo cuộc sống hằng ngày và ấm cúng của họ.
Ayaka Kagari, một cô gái tài năng trong thể thao, xuất sắc trong học tập, đứng đầu tất cả mọi thứ. Dĩ nhiên cô cũng có phép thuật mạnh nhất trên trái đất. Nhưng mục đích của cô là phải bảo vệ Honoka Takamiya, bạn cùng lớp của cô ấy bằng mọi giá.
Một trung úy trẻ của Zeon, Bernie, đã bí mật thâm nhập khu vực Colony số 6, tại đó, anh ta đã gặp Al, một cậu bé ngây thơ. Hai người trở thành bạn và rồi Bernie bắt đầu thích người hàng xóm của Al, Chris, một nữ phi công lái Gundam, thứ Bernie đang tìm cách tiêu diệt.