Vào năm 2043, Infinite Dendrogram – game thực tế ảo online thành công đầu tiên trên thế giới – đã được ra mắt. Bên cạnh khả năng mô phỏng 5 giác quan một cách hoàn hảo, cùng với những tính năng đặc sắc, game hứa hẹn sẽ mang lại cho người chơi một thế giới với những khả năng bất tận.
Câu chuyện xoay quanh một cô gái tên là Yuuka, người gặp một sinh vật ở độ sâu của Trái Đất có tên là Chii-chan (một chữ cái của chiteijin, từ tiếng Nhật cho người ở dưới lòng đất), và một người ngoài hành tinh tên là Ucchan (một pun của uchuujin hoặc người ngoài hành tinh ). Câu chuyện diễn ra theo cuộc sống hằng ngày và ấm cúng của họ.
câu chuyện kể về tương lai năm 2061 – thời điểm mà việc du hành vũ trụ đã được thương mại hóa. Một nhóm học sinh gồm 9 người của trường Trung học Caird đã bay vào không gian. Tuy nhiên, một sự cố đã khiến họ cách quê nhà đến 5012 năm ánh sáng. Với việc phát hiện ra một con tàu vũ trụ cũ, không người lái ở gần đó, những học sinh phải vận dụng mọi nguồn lực có hạn của mình để trở lại.
Trong khi đang cố tránh khỏi sự phát hiện của bọn robot chiến tranh trong một thành phố chết, nhân vật nam chính, một junker, đã vào một tòa nhà có mái vòm trên tầng thượng và tìm những món đồ phế thải vẫn còn sử dụng được
Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.