Qua đời vì bạo bệnh ở tuổi 39, Machio Hiraku được trao cơ hội đến một thế giới khác, khi được hỏi nếu được Chúa ban cho sức mạnh thì điều ước của anh là gì, anh đã ước có một cơ thể khỏe mạnh, điều ước thứ hai, anh chọn cách sống yên bình, điều ước thứ ba là có thể biết tiếng địa phương, và điều ước cuối cùng là được làm nông dân.
Lấy bối cảnh vào năm 2029, một sự rạn nứt giữa các chiều đã mở ra, với những kẻ xâm lược chiếm lấy Nhật Bản như chúng ta đã biết. Bây giờ được đặt tên là Genkoku Nippon, công dân của nó đang chịu sự giám sát của Shinkoku Nippon. Mặc dù vậy, một nhóm nhỏ được gọi là Arahabaki chiến đấu để bảo tồn những thứ họ yêu thích bao gồm anime, manga và trò chơi điện tử.
Vào ngày sinh nhật lần thứ 16 của mình, Himari Momochi nhận được một lá thư thông báo rằng cô đã thừa kế một biệt thự có tên là "Ngôi nhà Momochi". Sau khi được nuôi dưỡng tại cô nhi viện, ngôi nhà này là thứ duy nhất còn lại của gia đình thực sự của cô, vì vậy Himari không để ý đến những tin đồn rằng nó có thể bị ma ám
Bác sĩ Ido, một bác sĩ và một thợ cơ khí sống và làm việc ở nơi tận cùng của thế giới, bãi rác thải hậu tận thế, đã vô tình phát hiện ra một nữ chiến binh cực kỳ mạnh mẽ, mất trí nhớ trong một đống rác phế liệu.
Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo