Câu chuyện xảy ra trong tương lai xa. Đất đai bị hủy hoại, và nhân loại thành lập thành phố pháo đài di động tên Plantation. Các phi công sản xuất trong Plantation sống ở Mistilteinn, cũng được biết đến như "chimcage". Trẻ em sống ở đó không biết gì về thế giới bên ngoài và sự tự do của bầu trời
Phim chỉ dành cho đối tượng trên 16 tuổi. Izumi Shinichi là một thiếu niên 17 tuổi, sống cùng bố mẹ tại một khu phố yên tĩnh ở Tokyo. Một đêm nọ, những sinh vật ngoài hành tinh, có hình thù giống loài sâu, với tên gọi Kiseijū ("Ký sinh vật") đổ bộ lên Trái Đất, chiếm lấy não và điều khiển chủ thể là con người bằng cách xâm nhập qua tai hoặc mũi. Một "Ký sinh vật" có ý định bò vào tai của Shinichi khi cậu ngủ nhưng thất bại vì cậu đang đeo tai nghe, vậy nên đã xâm nhập cơ thể cậu bằng cách chui
Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Itou Kaiji is a bum who steals car emblems and slashes tires on what seems to be a regular basis. This routine changes one day when he is paid a visit by a man in a trench-coat. Once the two get talking, it seems that the visitor (Calling himself Endou) is a debt collector. The reason for his visit is an unpaid loan which kaiji had previously co-signed for a work-mate (Furuhata Takeshi).
Set in Hinomoto, a fictional version of Japan, where for a long time railway travel served as the most important form of transport. Each locomotive was paired with a humanoid control module, so-called Raillord, that aided the train operator.