Thời đại là thời Chiến quốc đầy biến động ở Hinomoto. Kinokuni, vùng núi và biển chưa được khám phá. Ở sâu trong rừng sâu này, có một nhóm sử dụng "Yatagarasu" làm biểu tượng cờ của họ và sử dụng súng làm vũ khí. Tên của họ là "Saikashu"
Năm 2015, Tổng công ty C C bắt đầu tiêu hủy game online " The World" để tiếp nối một dự án khác dự trên dữ liệu đó. Năm 2016 "The World R:2" được phát hành, .hack//Roots là khoảng thời gian Haseo cùng với Shino và Ovan ở trong hội Lữ Đoàn Chạng Vạng trước khi ra đời game .hack//G.U. PS2
Vào 30 năm trước, một hiện tượng kinh hoàng đã xảy ra thiêu rụi hơn một nửa thế giới, và tạo ra một chủng người đột biến gọi là Burnish. Burnish là một chủng loài có khả năng tạo ra và điều khiển lửa. Bởi ngọn lửa ấy, chúng đốt cháy khắp nơi trên địa cầu. Câu chuyện theo bước chân của Galo và đội Burning Rescue trong trận chiến đối đầu với Burnish.
Seth là một phù thủy đầy tham vọng từ khu vực Pompo Hills. Giống như tất cả các pháp sư, ông là một bị nhiễm, một trong số ít những sinh vật sống sót sau sự tiếp xúc của Nemesis - những sinh vật rơi xuống từ bầu trời làm ô nhiễm và phân hủy tất cả những người mà họ chạm vào.
12 chiến binh mang tên trùng với 12 Con Giáp, chiến đấu với nhau để giành lấy một điều ước