Suzume, một cô gái 17 tuổi sống trong một thị trấn yên tĩnh ở Kyushu, bắt gặp một thanh niên đi du lịch nói với cô rằng "Tôi đang tìm một cánh cửa". Cô theo sau anh ta và phát hiện ra một cánh cửa phong hóa trong đống đổ nát trên núi, như thể đó là thứ duy nhất còn sót lại sau khi sụp đổ
Vào cuối những năm 90, tại Trung Quốc, Tu Xiaoyi, một học sinh trung học, không quan tâm đến nhãn hiệu và thích chơi trò chơi điện tử với người bạn có biệt danh là “Peanut”. Một ngày nọ, anh được giáo viên của mình chọn trở thành đại diện của lớp với Yao Zhetian, một cô gái rất dễ thương. Anh ấy sẽ trải nghiệm tình yêu đầu tiên và sự thất vọng của mình
Sau khi gặp nhau vào một ngày nắng đẹp rực rỡ, cậu trai nhút nhát bày tỏ bản thân qua thơ haiku và cô gái sôi nổi song tự ti có mùa hè ngắn ngủi và diệu kỳ bên nhau.
Sau khi bị đe dọa tính mạng và những hành vi bắt nạt khác trên mạng, Kaede Azusagawa đã có một phá vỡ phân ly dẫn đến mất trí nhớ hoàn toàn
Sau khi cả 17 Angel đều đã bị tiêu diệt, SEELE đã biết được kế hoạch của chỉ huy Ikari Gendou và quyết định mở một cuộc tổng tấn công chiếm lại các Eva, Adam và Lilith. Với lực lượng quân đội JSSDF và bộ Eva Series gồm 9 Eva trắng, cả trụ sở đều bị tổn hại nặng nề và Unit-02 không thể một mình kháng cự nổi. Cho tới khi Ikari Shinji bước vào buồng lái Eva Unit-01.