Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
câu chuyện về chàng trai Azuma Ikki, anh chàng đã từng bị tấn công bởi một nhóm người có vũ trang và đã trở thành tù nhân của họ suốt 10 năm, lưu lạc và phải chịu biết bao nhiêu cực khổ.Nhưng may mắn thay anh đã được cứu bởi người bạn thời thơ ấu của mình bằng một loại vũ khí vô cùng đặc biệt.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Hiiragi Utena luôn ngưỡng mộ những cô gái phép thuật và mơ tưởng về việc biến hóa thành một nữ anh hùng mạnh mẽ chiến đấu chống lại ác độc. Vì vậy, khi một hình ảnh giống búp bê tiếp cận cô một buổi tối, tuyên bố rằng cô ấy có sức mạnh phép thuật tiềm ẩn bên trong, cô run rẩy vì hồ hởi
Niearland – Một công viên giải trí với chủ đề về A.I nơi mà giấc mơ, hy vọng và khoa học hoà lẫn vào nhau. Được tạo ra với tư cách là A.I hình người tự vận hành đầu tiên, Vivy là A.I đang biểu diễn tại đây. Để hoàn thành sứ mệnh đem đến hạnh phúc cho mọi người qua những bản ca, cô luôn bước lên sân khấu và biểu diễn hết mình. Tuy nhiên, công viên vẫn không được nổi tiếng.