Một ngày nọ, cậu học sinh cao trung mê game, cuồng kẹo Shiroyanagi Akira bị kéo vào một trận chiến bởi một cô gái bí ẩn tự xưng là Mion. Những người tham gia được thông báo rằng họ đã "bị xóa tên khỏi hộ khẩu gia đình, tham gia vào một thí nghiệm và được ban sức mạnh đặc biệt.
Sáu năm sau khi các sự kiện của ChäoS;HEAd. sự kiện bất thường bắt đầu xảy ra ở quận Shibuya.
Abeno Masahiro là cháu nội của âm dương sư Abeno Seimei. Từ nhỏ Seimei đã dạy cho Masahiro tất cả những kỹ năng của một âm dương sư. Nhưng vào năm Masahiro lên 6, cậu bị mất ký ức và khả năng nhìn thấy linh hồn (ông nội cậu đã phong ấn con mắt âm dương của cậu).Từ đó trở đi, cậu bị mọi người chế giễu và xem thường, làm việc gì cũng không xong cho đến một ngày cậu gặp Mokkun. Với sự trợ giúp của Mokkun, cậu đã lấy lại được con mắt âm dương. Và rồi Masahiro đã lấy lại được tự tin và quyết tâm trở
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm). Mỗi tập phim là một câu chuyện khác nhau kể về hành trình tiêu diệt các Mushi của Ginko, đầy màu sắc huyền bí và ảo ảo
Câu chuyện kể về anh chàng Nakano một nhân viên văn phòng thường xuyên bị “bóc lột sức lao động” tại công ty mình. Một ngày nọ, khi về đến nhà, anh bắt gặp một nàng cáo thần tên là Senko. Dù nhìn như một đứa con nít nhưng Senko đã 800 tuổi rồi. Cô xin Nakano cho phép cô “cưng chiều” anh hết mức có thể và kể từ đó, họ bắt đầu sống cùng nhau.