Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.
Ngày xửa ngày xưa (thật ra là chỉ khoảng vài 100 năm trước thôi), 7 búp bê tuyệt đẹp đã được một người tên là Rozen làm ra. Những búp bê này được gọi là Rozen Maiden, và chúng không chỉ xinh đẹp mà còn có thể hoạt động như người thường (và còn có phép thuật nữa). Tuy nhiên, Rozen đã bỏ rơi họ và đi đâu không ai biết. Những Rozen Maiden chỉ biết rằng muốn gặp lại cha, họ phải trở thành Alice, danh hiệu dành cho búp bê đẹp và hoàn hảo nhất. Và sau vài thế kỷ, những Rozen Maiden vẫn tiếp tục trò
Khi thế giới thông một cuộc cách mạng công nghiệp ở tầm cao mới, những thành tựu ngày càng không ngừng tiến bộ thì một con quái vật xuất hiện mà không thể đánh bại được trừ khi có thể bắn thủng trái tim bọc sắt của nó
Tokyo năm 2030, tại một khu ngoại ô nọ bất ngờ xuất hiện một âm thanh lạ có tần số cao cùng với một màn sương màu đỏ che phủ. Bất kỳ ai nghe được thứ âm thanh này kể cả động vật đều mất đi ý thức.
Phần tiếp theo của seri Last Exile nổi đình nổi đám từ 2003, ai là fan của bộ này hẳn không thể bỏ qua được. 2 nhân vật chính của phần này là Fam và Giselle, 2 nữ phi công của chiếc Vespa và là thành viên của nhóm Sky Pirates. Ngoài ra trong nhóm này còn có Dio, 1 nhân vật từ Last Exile phần đầu.