Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.
Phần tiếp theo của seri Last Exile nổi đình nổi đám từ 2003, ai là fan của bộ này hẳn không thể bỏ qua được. 2 nhân vật chính của phần này là Fam và Giselle, 2 nữ phi công của chiếc Vespa và là thành viên của nhóm Sky Pirates. Ngoài ra trong nhóm này còn có Dio, 1 nhân vật từ Last Exile phần đầu.
Câu truyện kể về Aoba Watase, một cậu học sinh theo học tại một trường ở Tokyo và sống một cuộc sống bình thường. Vào buổi sáng hôm khai giảng sau kỳ nghỉ hè, cậu tới trường như thường lệ. Và cậu vô tình gặp Jyunjyou Dio Weinberg . Cuộc gặp này sẽ sớm làm thay đổi vận mệnh thế giới.
Matsuri là một người thuộc dòng dõi chuyên diệt trừ các ayakashi. Cậu có một cô bạn thanh mai trúc mã là Suzu. Cô gái này là một “ayakashi miko”, người có nguồn năng lượng sự sống mạnh mẽ giúp tăng cường sức mạnh tâm linh cho yêu ma.
Năm là 2222. Đã từ rất lâu kể từ sự kiện Tân Nguyệt Thạch Lệ, một cơn mưa bí ẩn, trút xuống và xóa sạch gần như toàn bộ loài người. Cơn mưa độc hại này tạo ra những sinh vật biến dạng ăn thịt người, và nhân loại phải chạy trốn khỏi nguy hiểm