Trong tương lai, bức xạ từ mặt trời đã hủy hoại môi trường Trái đất, và tỉ lệ sinh của loài người đã giảm hẳn. Chính phủ kiểm soát dân chúng bằng 1 đội quân các binh sĩ được nhân bản IC. Sam Coin, 1 nhà buôn ở sa mạc, tình cờ cứu được 1 cô gái tên Maya đang bị Theseus, thành viên đội IC đuổi theo. Anh giấu cô vào trong thuyền, nhưng bọn họ nhanh chóng bị phát hiện
Giai thoại bi tráng về những Nữ hạm ngày đêm chiến đấu nơi tiền tuyến với kẻ thù bí ẩn từ biển sâu để bảo vệ hòa bình nhân loại.
Vào năm 2199, trái đất bị kiềm hãm dưới vòng vây ảnh hưởng của phóng xạ bởi đế chế Gamilas trong 5 năm liền. Cư dân địa cầu phải sống dưới lòng đất để thoát khỏi những trận oanh tạc, nhưng dần dần sự nhiễm xạ xuyên qua mặt đất xâm nhập vào cơ thể người.Phi hành đoàn của Chiến hạm không gian Yamato được lập ra nhằm thực hiện cuộc hành trình tới hành tinh Iscandar để tìm kiếm một vật có thể giúp phục hồi trái đất đang bị tàn phá trước khi quá muộn...Các nhân vật chính trong bản chuyển thể có
15 năm trước, một cánh cổng xuyên không gian kì bí đã mở ra ngay trên Thái Bình Dương. Bên kia cánh cổng là Reto Semaani – một thế giới khác, nơi có thần tiên và quỷ dữ cùng tồn tại.
Một cánh cổng từ 1 thế giới khác xuất hiện và tiếp theo sau đó là 1 cuộc xâm lăng của người ngoài hành tinh gồm những sinh vật bất khả chiến bại bước ra từ các cánh cổng . Phe bảo vệ trái đất là 1 tổ chức mang tên Border gồm các chiến binh bí ẩn sử dụng Trigger - 1 loại vũ khí của các sinh vật ngoài hành tinh để chiến đấu !!