Câu chuyện xảy ra trong tương lai xa. Đất đai bị hủy hoại, và nhân loại thành lập thành phố pháo đài di động tên Plantation. Các phi công sản xuất trong Plantation sống ở Mistilteinn, cũng được biết đến như "chimcage". Trẻ em sống ở đó không biết gì về thế giới bên ngoài và sự tự do của bầu trời
Câu chuyện của Stardust Crusaders bắt đầu tại nhà tù, nơi mà nhân vật chính là Kujo Jotaro (17 tuổi) - một tên đầu gấu chính hiệu - đang tự giam lỏng mình để khống chế một thế lực siêu nhiên mới vừa được thức tỉnh trong cậu - Stand. Để cứu lấy người mẹ đang dần bị đẩy tới bờ vực của cái chết, Jotaro phải thuần phục thứ sức mạnh không tưởng ấy và cùng với các chiến hữu lên đường tiêu diệt tận gốc tên ma ca rồng vừa trỗi dậy từ dưới đáy đại dương, cùng lòng căm thù dòng họ Jojo tới tận xương tận
Series mới này sẽ mang một cốt truyện hoàn toàn mới, không có trong manga gốc của Daisuke Ashihara. Sẽ có thêm các nhân vật và tình tiết mới. Dàn cast bao gồm Tomo Muranaka (Yūma Kuga), Yuuki Kaji (Osamu Mikumo), Nao Tamura (Chika Amatori), Nobuhiko Okamoto (Jun Arashiyama), và Masakazu Morita (Shūji Miwa) đã xuất hiện trong sự kiện nhưng vẫn chưa biết gì về chi tiết của series mới.
“Tôi có thể nhìn thấy nó. Cách tôi có thể giành chiến thắng…” “Lần này tôi sẽ đánh bại anh ta. Vì vậy, hãy đến với tôi một lần nữa … chấp nhận! ‘Bloom, những bài thủ của linh hồn!” Ở New Kyoto, một thành phố được cai quản bởi “King”, giá trị của một người được xác định bởi sức mạnh của người đó trong trò chơi thẻ giao dịch Build Divide.
Vào năm 2050, một kĩ sư trẻ tuổi tên là Derrida Yvain đã trở nên nổi tiếng nhờ vào việc chế tạo nên "Cỗ máy di động DZ" tại Rebuild - công ty do cha anh sáng lập. Nhưng vào một ngày nọ, Derrida và đồng nghiệp Nathan của mình đã phát hiện ra một lỗi cực nghiêm trọng của "DZ"s. Họ cố báo cáo với cấp trên của mình nhưng đã bị lờ đi.