Câu chuyện kể về Yuuya Niyodo lười biếng, thành viên của bộ đôi thần tượng ZINGS. Một ngày sau một buổi biểu diễn cẩu thả, Yuuya gặp Asahi Mogami, một nữ thần tượng vui vẻ. Điều khó khăn là Asahi đã chết được một năm và điều này khiến cuộc sống của Yuuya bị đảo lộn.
Watanuki luông bị những Ayakashi này quấy nhiễu và cậu ta khao khát được thoát khỏi điều này. Vào một ngày nọ, khi đang chạy thoát khỏi một đám Ayakashi, Watanuki vô tình “bước” vào một ngôi nhà kì quặc giữa thành phố hiện đại. Tại đây, Yuuko Ichihara, chủ ngôi nhà này, bảo với Watanuki rằng nơi đó là một cửa hiệu biến ước muốn thành sự thật , và đổi lại là một cái giá cân bằng
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Ngày xửa ngày xưa ở một nơi nọ có một ma cà rồng tên Vanitas bị người ta căm ghét. Mặc dù ma cà rồng vốn dĩ được sinh ra dưới áng trăng tròn đỏ máu, nhưng không hiểu vì đoản mệnh thế nào mà chỉ mỗi Vanitas lại được sinh ra dưới ánh trăng tròn sắc xanh.
Shimazu Toyohisa, trong khi tham gia vào các trận chiến Sekigahara, Toyohisa thấy mình được đưa đến một hành lang của cửa ra vào, nơi mà một người đàn ông đeo kính ở bàn đợi anh ta. Người đàn ông này, Murasaki, gửi Toyohisa vào cánh cửa gần nhất nơi mà anh tỉnh dậy trong một thế giới khác.