"Hãy làm điều người khao khát". Biết bao Anh hùng đã đấu với thế lực "Hủy diệt". để bảo vệ thế giới này. Thế rồi, thời gian trôi đi... Các Anh hùng đã lùi dần vào lịch sử, giờ đây vận mệnh của thế giới phụ thuộc vào cuộc chiến của những thiếu niên, thiếu nữ được mệnh danh là "Người kế tục
Hyuuga Saki và Mishou Mai đã gặp nhau ở khu rừng sau khi họ đuổi theo những ánh sáng kỳ lạ. 5 năm sau họ đã đoàn tựu dưới Sky Tree, nơi họ gặp Flappy và Choppy, hai tinh linh của Land of Fountains; họ bị truy đuổi bởi Akudaikaan, kẻ cai trị Dark Fall, kẻ đang chiếm lấy những đài phun nước đang duy trì sự sống củag World Tree. They give Saki và Mai đã biến hình thành Pretty Cure, để họ có thể chiến đấu với những thuộc hạ của Akudaikaan và phục hồi những suối nguồn.
Câu chuyện bắt đầu khi nhân vật chính Hikaru gặp người ngoài hành tinh Lala, Prunce và Fuwa khi ngắm bầu trời đêm. Cô biết đến Cung điện ngôi sao, nơi Công chúa 12 ngôi sao của các chòm sao giữ được sự cân bằng của vũ trụ cho đến khi họ bị tấn công. Lala đang tìm kiếm các chiến binh Precure huyền thoại để giúp tìm ra 12 Bút màu sao công chúa rải rác và hồi sinh các công chúa.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Được dựa theo bộ light novel của Gakuto Mikumo và Nao Watanuki. Truyện kể về 1 cậu học sinh trung học có thể tiếp xúc được với hồn ma của cô bạn thân thuở nhỏ.