Hanasaki Tsubomi là một nữ sinh lớp 8 thích hoa và cây cối. Một ngày nọ cô ấy mơ một giấc mơ kỳ lạ. Trong giấc mơ đó, một cây to đầy bông đã xuất hiện. Đột nhiên nó mất tất cả hoa và một nàng tiên xuất hiện.
kể về Shiraishi Urara là học sinh giỏi 2015 nhất trong trường của mình. Một ngày nọ, do một nụ hôn tình cờ, Urara nhận thấy rằng dường như toàn bộ thân xác của mình lại đang ở trong một người học sinh cá biệt lỳ lượm đáng ghét.
Yuzuka Hanami có một cuộc sống bình thường như bao nhiêu người khác,vẫn sống và học tập ở một trường trung học.Số phận cô bỗng chốc thay đổi kể từ khi cô được tiếp cận với một sinh vật bí ẩn từ đâu xuất hiện trước mặt cô,chính sinh vật này đã tiết lộ cho cô biết thân phận thật sự của mình.
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Câu chuyện bắt đầu với sự xuất hiện của một nhà pháp sư đại tài, người đã nhiều lần giải cứu thế giới của ông thoát khỏi tai vạ bằng pháp thuật của mình. Một ngày nọ, vị pháp sư ấy tình cờ nhặt được một đứa bé, ông quyết định nhận nuôi nó và đặt tên đứa bé ấy là Shin.