Một cặp vợ chồng của các nhà khoa học đã bị bắt vì tiến hành các nghiên cứu bất hợp pháp, được cho là đã thực hiện việc sửa đổi gen trên năm đứa con của họ. Cậu bé Dannis, là người duy nhất lớn lên như một con người bình thường, và đã trở thành thành viên duy nhất trong gia đình cố gắng tìm một loại thuốc để biến chúng thành người bình thường trở lại.
Bối cảnh chuyện đặt trong những năm 2013. Được nuôi dạy như người thuộc tầng lớp ưu tú nhất từ năm 2 tuổi, 1 cậu bé tên Shion sống trong 1 khu vực đặc biệt được gọi là No.6. Trong đêm sinh nhật thứ 12 của mình, cậu cứu được 1 cậu bé tự xưng là “Nezumi”(Chuột). Nezumi đang tìm cách trốn thoát khỏi Khu Vực An Ninh Đặc Biệt (Special Security Area) của thành phố. Kể từ giây phút đó, cuộc đời của Shion đã thay đổi mãi mãi…
Tenma, Alone và Sasha là 3 người bạn thân thiết từ thuở ấu thơ. Số phận chia cắt 3 họ ở những độ tuổi khác nhau và cũng chính số phận cho họ hội tụ lại, nhưng giờ không phải dưới danh nghĩ 3 người bạn thời thuơ ấu nữa mà là Thánh Đấu sĩ cung Thiên Mã - Tema, Minh Vương Hades - Alone và Nữ Thần Athena - Shasa.
Câu chuyện khởi đầu ở một tương lai xa, khi Trái Đất đã bị ô nhiễm đến không thể sinh sống, con người đã quyết định rời quê hương để di dân vào vũ trụ
Câu chuyện về 7 con búp bê tuyệt đẹp của Rozen một lần nữa được kể lại qua 13 tập phim. Nếu như ở series năm 2004, Sakurada Jun – nhân vật chính trong truyện – đã lên cót và phục sinh Shinku, búp bê thứ 5 trong 7 chị em búp bê Rozen Maiden và chứng kiến cuộc chiến giữa 7 con búp bê này nhằm đoạt lấy danh hiệu Alice