Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Umakai Shintaro, một nhà ngoại giao Nga gốc Nhật, đã bỏ việc và đi đến Sapporo để dạy tại một Học viện nữ sinh. Nhưng Học viện đó không nằm ở nơi bình thường mà ở trên một con tàu chiến gọi là Amanohara. Và năm cô gái Shintaro dạy nằm trong đơn vị tên là Raimu. Các cô gái hỗ trợ cho nhau và triệu hồi những thứ kì lạ
Muốn đạt được thứ gì phải đưa ra một thứ gì khác có giá trị tương đương Đó là quy tắc cơ bản nhất mà mọi nhà giả kim đều ghi nhớ và thấu hiểu. Thế nhưng, Edward Elric và Alphonse Elric đã bỏ qua quy luật ấy, cố gắng dùng thuật giả kim đưa người mẹ đã chết trở về với trần gian. Hậu quả, Ed mất đi chân trái, Al mất toàn bộ cơ thể, vì vậy Ed chịu hi sinh thêm cánh tay phải để trao đổi lấy linh hồn Alphonse và gắn nó vào một bộ áo giáp
Đó là ngày đầu tiên của năm học mới. Học sinh lớp 5 Ari và những người bạn thân nhất của cô, Suha và Min đã bắt đầu một hoạt động sau giờ học gọi là Câu lạc bộ giải quyết vấn đề. Tuy nhiên, dường như không ai có bất kỳ vấn đề nào cần phải giải quyết. Ari thất vọng khi phát hiện ra một con chuột lang bất tỉnh trên đường.
Câu chuyện diễn ra trong một thế giới mà nơi các nàng tiên sở hữu và trú ngụ trong các loài động vật, mang đến cho chúng những khả năng bí ẩn. Bằng cách loại bỏ nội tạng của con vật bị chiếm hữu và cấy chúng vào người, các nàng tiên có thể được triệu tập như một bản ngã đã thay đổi và được sử dụng làm vũ khí. Những nàng tiên trở thành công cụ của chiến tranh được gọi là "Chiến binh cổ tích.