Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Câu chuyện về Izayoi Sakamaki, một cậu trai đã chán chường cả thế giới. Một ngày nọ, có một lá thư gửi đến. Khi vừa mở ra, thì cậu đã bị dịch chuyển sang một thế giới khác. Ở đây, cậu nhận ra cũng có 2 người khác bị dịch chuyển như cậu - một bé lầm lì tên là You Kasukabe với một bé mèo, và một cô bé xinh đẹp nhưng kiêu căng tên là Asuka Kudou. Họ bị cô bé Kuro Usagi (Thỏ đen) triệu hồi cả 3 đến để đánh bại ma vương.
Trong thế giới của Ivy, những vì sao là tất cả mọi thứ. Cô ấy là một Người Huấn Luyện, sinh ra để khuất phục quái vật và động vật, nhưng cô ấy cũng sinh ra không có vì sao nào!
Bối cảnh của phim diễn ra trong tương lai, khi loài người sống rải rác qua các vì sao. Đế quốc Valdana phải chịu dưới quyền kiểm soát của gia tộc Tytania – một thế lực giàu có và đầy uy danh. Tytania ngụy tạo nên tầm ảnh hưởng của mình bằng bạo lực và sức mạnh về kinh tế, tồn tại như biểu trưng của nỗi đe sợ đối với toàn đế chế.
Quà tặng, một thế giới bao phủ trong lấp lánh tinh thể màu xanh gọi là gifdium. Sougo Amagi là một cậu bé sống ở thành phố Garden Indigo, nơi đã phát triển lớn mạnh từ việc khai thác những tinh thể này.