Phi hành gia đầu tiên trong lịch sử loài người là một cô gái ma cà rồng. Sau khi Chiến tranh thế giới thứ hai kết thúc, các siêu cường phân chia thế giới, Cộng hòa Liên bang Zirnitra ở phía Đông và Vương quốc Anh Arnack ở phía Tây, đã chuyển tham vọng lãnh thổ sang không gian. Cả hai quốc gia đã và đang cạnh tranh gay gắt để phát triển.
Một nữ sinh tự sát và sau đó Lain nhận được mail từ cô gái đó bảo rằng cô ta vẫn chưa chết, chỉ là đang sống ở một thế giới gọi là Wired, nơi có Chúa ở đó. Một bộ phim ko dành cho những ai muốn thư giãn đầu óc với anime
Truyền thuyết kể rằng, trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với một loại virus cực kỳ nguy hiểm. Thế giới lầm than, quốc gia loạn lạc, giữa lúc nước sôi lửa bỏng, một đấng cứu thế thằng ngốc với cái tên "Rentarou" cùng cộng sự của mình - cô bé Enju loli - sẽ xuất hiện với những khả năng bí ẩn hứa hẹn sẽ giúp loài người chống chọi lại thứ virus nguy hiểm ấy
Bối cảnh câu chuyện vào năm 331 theo Lịch Quỹ Đạo, khi con người du canh du cư trên các Colony trong vũ trụ. Một cô gái tên Akiha Shishidou đã gặp phải một trí thông minh nhân tạo trong một Colony tên là Leopard.Cùng với Akiha còn có một cảnh sát liên Thuộc địa tên Itsuki Kannagi, một cô gái trầm lặng tên Honoka Kawai, và imo-chan một robot của nhà Shishidou.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".