kể về thế giới Shuffle, thiết lập mười năm trong tương lai. Gods, Demons, và con người tự do thăm các thế giới khác như đi du lịch ở nước ngoài, và sự lãng mạn trong không khí. Demons, vị thần, và con người với nhau đã rơi vào tình yêu và tạo ra những gia đình mới, phá vỡ các bức tường một khi tách chúng
Một buổi sáng tháng tư mưa. Hoa anh đào bị mưa và nổi trong vũng nước. Học sinh trung học bước vào cổng trường, mang theo nhiều màu sắc khác nhau của ô.
Trong những hoạt động ngầm nguy hiểm của thành phố Academy là linh lực gia cấp 5 Accelerator. Anh có thể tiêu diệt bất cứ ai nhờ năng lực của mình, năng lực này cho phép anh tạo ra một trường mỏng của mục tiêu xung quanh anh và chi phối véc tơ của bất cứ thứ gì anh chạm vào. Suốt cuộc đời của Accelerator, anh luôn là đối tượng bị tấn công, do đó, anh mất niềm tin vào con người và chỉ tin vào sức mạnh.
Kousaka Junpei là một học sinh THPT năm 2, mắc bệnh dị ứng mèo nên luôn tìm cách tránh xa chúng (Bán kính phạm vi an toàn là 1,5 mét). Ngặt một nỗi, người trong mộng của cậu, Mizuno Kaede, lại là một cô bé vô cùng yêu mèo. Một ngày đẹp dzời, lúc đang trên đường về nhà, Junpei đã vô tình đá một chiếc vỏ lon trúng vào bức tượng Thần Mèo Jizou-sama làm gãy đầu
Minato Narumiya Khi còn học sơ trung, Minato đã tham gia học môn bắn cung Nhật Bản. Thế nhưng sau một sự cố xảy ra, cậu đã từ bỏ sở thích này. Khi lên cao trung, Minato đã gặp gỡ nhiều người bạn mới, và cùng nhau họ đã trở thành thành viên của câu lạc bộ bắn cung trong trường. Thế là bắt đầu chặng đường đoạt chức vô địch môn bắn cung của những chàng trai trẻ ấy.