Câu chuyện về một cô thiếu nữ tên Lucy Heartfilia, khao khát của cô là gia nhập Hội Pháp sư nổi tiếng Fairy Tail. Trên đường phiêu lưu, Lucy đã vô tình gặp gỡ Natsu "Salamander" Dragneel, một thành viên của Fairy Tail, người sở hữu pháp thuật cổ đại Sát Long. Thế rồi Lucy được Natsu giới thiệu vào Hội Pháp sư Fairy Tail và cùng anh chàng này tham gia vô số nhiệm vụ khó khăn nhưng cũng không kém phần thú vị.
Biscotti và Galette - 2 đất nước đã từng là láng giềng thân thiết, nhưng bây giờ lại đang giao tranh với nhau mà không rõ mục tiêu. Trước liên tiếp những trận thua tan tác, tiền mất tình tan, người đại diện cho băng Biscotti - Công chúa Millhiore Filianno Biscotti đã đích thân đứng lên triệu hồi dũng sĩ mang tên Shinku hòng cứu lấy đất nước xinh đẹp của mình.
Những Sorcerer Hunter (Thợ săn phù thủy) được thành lập trên lục địa Spooner, tại đây dân cư được chia thành 2 nhóm, nhóm sử dụng được phép thuật và nhóm không sử dụng được phép thuật. Sorcerer Hunter được thành lập để bảo vệ những người không sử dụng được phép thuật.
Câu chuyện diễn ra trên 1 hòn đảo nhỏ Regalo, tại đây hòn đảo được bảo vệ bởi 1 nhóm người có tên Arcana Famiglia, gồm các thành viên có năng lực siêu nhiên. Vào ngày kia có 1 cô gái 16 tuổi tên là Felicita đến gặp cha cô, là người đứng đầu Arcana Famiglia. Cô được cha cho gia nhập vào nhóm “Serie of Sword”, và cô được gặp gỡ với những thành viên đẹp trai khác
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.